Lorsque le recours à des substances ou à des procédés prohibés est révélé par l’analyse, une procédure disciplinaire est engagée par la fédération concernée ou par l’Agence Française de Lutte contre le Dopage, lorsque le sportif concerné n’est pas licencié d’une fédération sportive française.

Le sportif peut demander une contre-expertise dans un délai de 5 jours à compter de la réception de la lettre lui énonçant les griefs retenus contre lui (ou 10 jours en cas de domiciliation hors de la métropole).

Si le sportif ne la demande pas ou si la contre-expertise confirme le résultat de la première analyse, une instruction est ouverte par l’instance fédérale de première instance qui procède à l’audition du sportif. Le sportif peut être assisté par un avocat ou par toute personne de son choix.

Une procédure disciplinaire peut être également engagée :
- contre un sportif qui ne se présente pas à un contrôle antidopage ;
- contre un sportif (de haut niveau ou professionnel) qui ne transmet pas les informations relatives à sa localisation (pour que soient effectués des contrôles inopinés) ;
- contre une personne (autre que le sportif lui même) qui s’oppose à un contrôle antidopage ; et
- contre une personne participant à un trafic de produits dopants.
Dans les deux derniers cas, les personnes sont passibles de sanctions pénales.

L’organe disciplinaire fédéral doit se prononcer dans un délai de 10 semaines en première instance et dans un délai maximum de 4 mois en appel, à compter du jour où le procès-verbal de constat d’infraction a été transmis à la fédération.

Il prononce des sanctions sportives et disciplinaires définies par le règlement relatif à la lutte contre le dopage (cf. décret n°2006-1768 du 23 décembre 2006).
En cas d’usage de produits dopants,
- la sanction disciplinaire en cas de première infraction va de 2 ans à 6 ans de suspension ;
- en cas de récidive, la sanction va de 4 ans de suspension à la suspension à vie.
Les sanctions encourues sont identiques en cas de soustraction ou d’opposition à contrôle antidopage.

Par dérogation, lorsqu’un sportif est contrôlé positif à une substance interdite qualifiée de « spécifique » dans la liste des produits interdits, la sanction est moins sévère :
- elle est comprise entre un avertissement et 1 an de suspension en cas de première infraction ;
- entre 2 ans et 6 ans de suspension en cas de 2ème infraction ; et
- entre 4 ans de suspension et la suspension à vie en cas de troisième infraction.

Si le sportif bénéficie d’une autorisation d’usage thérapeutique délivrée par l’A.F.L.D. et correspondant à un résultat d’analyse positive, le président de l’organe disciplinaire de première instance classe l’affaire, après avis du médecin fédéral.

En cas de trafic de produits dopants, l’organe disciplinaire fédéral prononcera une suspension comprise entre 4 ans et la suspension définitive.
Les trafiquants, prescripteurs, pourvoyeurs et incitateurs, relèvent pour leur part également de procédures pénales et encourent des sanctions pénales très lourdes (jusqu’à 5 ans d’emprisonnement et 75 000 € d’amende).

L’AFLD est compétente :
- pour sanctionner les sportifs non licenciés d’une fédération française ;
- infliger des sanctions aux sportifs licenciés d’une fédération française lorsque celle-ci n’a pas statué dans les délais prévus ;
- se saisir dans un délai d’un mois afin de réviser les sanctions prononcées par les fédérations ;
- étendre les sanctions fédérales à d’autres fédérations.
Les décisions de l’AFLD peuvent faire l’objet d’un recours non suspensif (ce qui signifie que la décision doit être exécutée alors même qu’elle fait l’objet de contestation) devant le conseil d’Etat.